Formaldehyd działa uszkadzające na tkanki, zwłaszcza w stężeniach, działających skutecznie na mikroorganizmy. Nie nadaje się więc do stosowania jako środek odkażający skórę. Gazowy formaldehyd drażni błony śluzowe, zwłaszcza dróg oddechowych. Długotrwałe wdychanie nawet niewielkich ilości formaldehydu powoduje uszkodzenie nabłonka migawkowego dróg oddechowych i może działać uczulające. Opisano wiele przypadków dychawicy oskrzelowej u osób, narażonych na wdychanie formaldehydu; wystarczające dla rozwoju uczuleń są stężenia, występujące w powietrzu pomieszczeń, w których znajdują się przedmioty wykonane z żywic fenolowo-formaldehydowych lub klejone tymi żywicami (np. płyty wiórowe czy paździerzowe). Metenamina (urotropina) jest produktem kondensacji formaldehydu z amoniakiem. Związek jest trwały w środowisku obojętnym i zasadowym, natomiast w kwaśnym rozpada się z uwolnieniem formaldehydu. Metenamina była niegdyś szeroko stosowana do odkażania dróg moczowych. Jest ona jednak skuteczna tylko w środowisku kwaśnym, ponieważ związkiem działającym jest uwalniający się formaldehyd. Tymczasem w zakażeniach bakteryjnych mocz często przybiera odczyn zasadowy. Metenamina musi być zażywana w tabletkach dojelitowych, ponieważ w kwaśnej treści żołądkowej rozkłada się.