Kolonoskopia w znieczuleniu ogólnym nie jest bolesnym badaniem, chociaż pacjenci uważają, że jest ono dosyć nieprzyjemne. Przed badaniem pacjentowi zakłada się specjalne ubranie, a w czasie badania musi on znajdować się w pozycji leżącej. Kolonoskopia w znieczuleniu trwa zazwyczaj do kilkudziesięciu minut. Pierwszym krokiem jest przyjrzenie się okolicom odbytu w celu sprawdzenia czy nie pojawiły się tam ropnie czy też guzki krwawnicze. Kolejnym korkiem jest nasmarowanie okolicy odbytu specjalnym żelem znieczulającym. Samo badanie odbywa się za pomocą palca, czemu może towarzyszyć właśnie nieprzyjemne uczucie rozpychania ma powodów do zmartwień, gdyż jest to normalne zjawisko. Tak bowiem reaguje organizm na skutek wdmuchiwanego do środka powietrza w celu obejrzenia ścian jelita od środka. Może nawet dojść do skurczów oraz wzdęć. Jeśli pojawią się gazy czy też wydostanie się płyn z odbytu, W niektórych przypadkach mogą pojawić się trudności z wprowadzeniem kolonoskopu do samego końca jelita i wówczas lekarz zwykle decyduje się na przeprowadzenie innego rodzaju badania. Kolonoskopia w znieczuleniu ogólnym wymaga odpoczynku przez przynajmniej godzinę po wybudzeniu się z narkozy pacjenta. Należy pamiętać o tym, że w dniu, w którym jest przeprowadzana kolonoskopia, nie można samodzielnie prowadzić pojazdami.